Salah satu nama yang sering disebut terlibat kasus megakorupsi ini adalah petahana Gubernur DKI Jakarta, Ahok karena pada periode 2011-2012m dirinya adalah anggota komisi II DPR dari Partai Golkar. Namun Ahok membantah tuduhan tersebut karena dirinya yang paling keras menentang proyek tersebut.
"Saya paling keras menolak E-KTP. Saya bilang pakai saja bank pembangunan daerah, semua orang mau bikin KTP pasti ada rekamannya kok. Ngapain habisin Rp5 trilun sampai Rp 6 triliun?" kata Ahok 6 Maret lalu.
"Itu cuma daftar penerima (fee) e-KTP atau daftar (anggota) Komisi 2? Masuk daftar itu kan bisa saja orang mau bagiin (uang) lalu bikin daftar begitu, (tapi) kita terima apa enggak (itu hal lain)," tutur Ahok. Yang terbukti dalam dakwaan yang dibacakan di sidang perdana, tidak ada nama Ahok dalam daftar penerima dana korupsi.